在环境保护领域，排污申报登记制度和排污许可证制度是两种重要的管理措施。尽管两者都旨在控制污染物排放，但它们在实施方式、目的以及具体操作上存在显著差异。

首先，在实施方式上，排污申报登记制度是一种较为基础的环境管理制度。它要求企业或个人定期向环保部门报告其污染物排放的情况，包括排放种类、数量等信息。这种制度主要依赖于企业的自觉性和诚信度，通常不需要额外的行政许可。

相比之下，排污许可证制度则更为严格和复杂。它需要企业在获得特定的许可后才能进行生产活动，并且必须遵守许可证中规定的各项条件，如排放标准、总量控制等。这意味着企业不仅要申报排放情况，还需要接受政府的监督和检查，确保其符合环保要求。

其次，从目的来看，排污申报登记制度主要是为了收集数据，为国家制定相关政策提供依据。通过这种方式，政府可以更好地了解全国范围内的污染状况，从而做出更科学合理的决策。而排污许可证制度则是为了直接减少环境污染，通过对污染源的严格管控来达到保护环境的目的。

最后，在具体操作方面，排污申报登记制度相对简单快捷，只需要填写表格并提交给相关部门即可。然而，排污许可证制度则涉及申请、审核、发放等多个环节，且需要持续跟踪和评估企业的执行情况，因此程序更加繁琐。

综上所述，虽然排污申报登记制度与排污许可证制度都是针对污染物排放的管理手段，但它们各自有着不同的侧重点和适用场景。前者侧重于信息收集，后者则强调实际减排效果。两者相辅相成，共同构成了我国完善的环境管理体系。